महाराष्ट्र एटीएसने नालासोपारा बॉम्ब व शस्त्रसाठा प्रकरणातील मुख्य आरोपी वैभव राऊत (४४), शरद कळसकर (२५) व सुधन्वा गोंधळेकर (३९) यांच्यासह १२ आरोपींविरोधात तब्बल सहा हजार ८४२ पानांचे आरोपपत्र विशेष एनआयए न्यायालयात दाखल केले. अन्य नऊ आरोपींमध्ये श्रीकांत पांगरकर (४०), अविनाश पवार (३०), लिलाधर लोधी (३२), वासुदेव सूर्यवंशी (१९), सुजीथ कुमार (३७), भारत कुरणे (३७), अमोल काळे (३४), अमित बडी (२७), गणेश मिसीन (२८) यांचा समावेश आहे. त्याचबरोबर आणखी तीन आरोपींचा शोध सुरू आहे, असे एटीएसने आरोपपत्रात म्हटले आहे. या सर्व आरोपींविरोधात बेकायदा कारवाया प्रतिबंधक कायद्यान्वये (युएपीए) आरोप ठेवण्यात आला आहे. भारतीय दंड संहिता, स्फोटके पदार्थांचा कायदा, विस्फोटके कायदा व महाराष्ट्र पोलिस कायदा या कायद्यांमधील विविध कलमांखाली आरोप ठेवण्यात आले आहेत. या सर्व आरोपींनी दहशतवादी कारवाया करण्यासाठी दहशतवादी टोळी बनवून देशाच्या एकतेस व सुरक्षिततेस धोका निर्माण केला, असा आरोप एटीएसने ठेवला आहे.
हिंदूराष्ट्राची निर्मिती करण्याच्या हेतूने दहशतवादी टोळी बनवली, अशाच प्रकारचा आरापे बेंगळुरू एसआटीनेही केला आहे. हिंदुत्व व हिंदुत्ववादी संघटनांविरोधात सातत्याने विचार मांडत असल्याबद्दल पत्रकार गौरी लंकेश यांची हत्या घडवण्यात प्रखर हिंदुत्ववादी सदस्यांच्या टोळीचा हात असून त्यांनी सनातन संस्थेच्या क्षात्र धर्म साधना या पुस्तकातील तत्त्वांनुसार कट रचला, असे कर्नाटकमधील बेंगळुरू एसआयटीने काही दिवसांपूर्वी दाखल केलेल्या पुरवणी आरोपपत्रात स्पष्ट म्हटले होते.